高校生・阿良々木暦が出会う“怪異”に取り憑かれた少女達。自身もかつて“怪異”に取り憑かれた過去を持つ阿良々木は、その際の恩人である忍野と共に、少女達の“怪異”と、それにまつわる悩みと悲しみを解決していくストーリー。
高校3年のある日、阿良々木暦は階段を踏み外し落ちてきた同級生の戦場ヶ原ひたぎを助ける。そんな何気ない行動から彼女の意外な秘密を知ってしまった暦は、秘密をばらさない様ひたぎから強烈な口止めを受ける。一方的な罵りと攻撃を受けた暦だが、彼は、ひたぎが抱える問題解決の為に協力を申し出る。実は彼も、ひたぎと同様、人に言えない大きな秘密を隠していたのだった。
暦はひたぎを連れて廃ビルに住む謎の流れ者、忍野メメに相談する。メメは「勝手に助かるだけ」と嘯きつつも、暦とひたぎに怪異を除くためのアドバイスを与える・・・。